Bị hư hại Phiến đá Shabaka

Phần lỗ và các đường vạch trên tấm bia đá là minh chứng cho thấy nó đã không được bảo quản tốt trong thời kỳ cổ xưa. Theo các tài liệu nghiên cứu, tấm bia Shabaka bị hư hỏng như vậy là do nó đã được dùng làm tấm đá cho cối xay.[12] Tài liệu sớm nhất đã đưa ra giả thuyết này là vào năm 1821, được cất giữ tại Bảo tàng Anh.[12]

Nhiều vị trí trên tấm bia cũng đã bị tẩy xóa có chủ đích vào thời kỳ Hậu nguyên Ai Cập.[13] Điển hình là tên của thần Set (dòng 7) đã bị mất đi, một vị thần bị cho là mang nhiều tội lỗi vào thời điểm đó.[13] Ngoài ra, chính vua Psamtik II hoặc Psamtik III (Vương triều thứ 26) đã xóa tên của Shabaka ra khỏi tấm bia. Psamtik III sau đó khắc tên ông lên đó, nhưng đã bị người Ba Tư gạch đi trong cuộc chinh phạt của họ.[14]